De tweede vrijdagsessie stond in het teken van de strijd om de directe plaatsen voor Q2. Daarbij sneuvelden meerdere ronderecords op het circuit van Brno. WK-leider Bezzecchi opende met een tijd van 1:52.275 en dook daarmee ruim onder het ronderecord dat Francesco Bagnaia in 2025 neerzette. Niet veel later nam Pedro Acosta de eerste plaats over, waarna ook Marc Marquez zich bovenaan meldde met een 1:51.988. De Ducati-coureur kende opnieuw geen foutloze sessie en ging voor de tweede keer op vrijdag onderuit. Toch plaatste hij zich ruim voor Q2, met een vijfde plaats achter teamgenoot Bagnaia.

In de slotfase bleef het stuivertje wisselen aan kop. Fabio Di Giannantonio reed kortstondig de snelste tijd, waarna Bezzecchi opnieuw het ronderecord verbeterde naar een 1:51.826. Uiteindelijk was het echter Ogura die als laatste toesloeg. De Trackhouse-coureur zette een 1:51.735 neer en sloot de vrijdag daarmee als snelste af.

Bezzecchi eindigde op 0,091 seconde van de Japanner als tweede, voor Di Giannantonio. Bagnaia noteerde de vierde tijd, terwijl Marquez genoegen moest nemen met de vijfde plaats. Acosta sloot de sessie af als zesde.

Voor Diogo Moreira en Fermin Aldeguer verliep de training eveneens succesvol. Beide coureurs wisten zich met de achtste en negende tijd rechtstreeks voor Q2 te plaatsen. De grootste tegenvaller kwam op naam van Martin. De Aprilia-coureur kwam slechts één tiende tekort voor een plek in de top tien en moet daardoor zaterdag via Q1 proberen door te stoten naar het tweede kwalificatiedeel.

Alex Marquez, die in Brno terugkeerde na herstel van zijn zeer zware crash in Barcelona een maand geleden, reed zijn tweede sessie van de dag en noteerde een vijftiende tijd. Ook de Gresini-coureur zal dus in Q1 in actie komen, maar gezien zijn fysieke gesteldheid ligt het niet in de lijn der verwachting dat hij door zal gaan naar Q2.

In de Moto2 wist Collin Veijer zich met een achtste plaats direct te plaatsen voor Q2. De Nederlander kende een moeizaam begin in VT1, waarbij hij ten val kwam, maar hij kon zijn programma vervolgen met KTM. In de getimede sessie was zijn achtste tijd voldoende om direct door te gaan naar Q2 in de kwalificatie op zaterdag.